Nel 1675 la Confraternita del SS. Nome di Gesù, ospite dei frati Minori Conventuali, i quali nel primo chiostro del loro convento (oggi diventato palazzo municipale) le avevano concesso una cappella dedicata a San Barnardino da Siena (e per questo era anche chiamata Confraternita del SS. Nome di Gesù e di San Bernardino), volle costruirsi una cappella tutta sua in cima alla “Piazza del Piano” (o “Piazza d’Armi”, l’odierna Piazza Cavour) e ne diede l’incarico all’architetto luganese Antonio Bettino. Nel 1694 dall’altro architetto luganese Bernardino Quadro se ne fece erigere una più grande, dotata di una grande cupola. La realizzazione di quest’ultima, però, venne rimandata a causa della morte dell’architetto.

Venne eretta  nel 1740 dal capomastro Bernardino Leone, ma appena costruita, crollò. Di essa rimasero in piedi, scrive il Vittone, “… soltanto le muraglie del coro e della facciata, ed illese interamente le fondamenta”.

La sua ricostruzione, fra il 1740 e il 1744, venne affidata al medesimo  Bernardo Vittone,  il quale  ricostruì i pilastri e i muri perimetrali e su di essi innalzò una delle cupole più belle di questa prima fase della sua arte.

“La cupola… – scrive ancora Vittone – cui stimai tenere leggera, non poco scostai nella sua forma dallo stile commune. Lo stesso è delle vele e delle volte delle cappelle… le quali tutte restano aperte , così che giù diffondendosi per esse il lume della cupola, passa a rischiarare più vivamente la chiesa”. Parole dalle quali emerge la prima preoccupazione dell’architetto: creare più varchi possibile alla luce naturale, traforando perfino i pennacchi, ma allo stesso tempo mimetizzando le aperture “alla bernina” e creando “camere” attraverso le quali la luce entra in forma riflessa, creando  affascinanti effetti scenografici,  accresciuti dai raggi in  stucco che si protendono dai bordi delle aperture dei pennacchi.

Per la fantasiosa,  ma armoniosa, decorazione a stucco Vittone si avvalse dei disegni di Giuseppe Antonio Riva.

Nel tempo la chiesa si è arricchita di arredi, pitture e sculture di diversa provenienza che ne fanno un vero scrigno di arte.

La facciata venne ricostruita nel 1792 su disegno di Mario Ludovico Quarini.