Nel 1626,  nei pressi della chiesa di San Guglielmo di Chieri si stanziarono i frati Francescani Minori Riformati: un Ordine religioso costituitosi nella prima metà del Cinquecento per scissione da quello degli Osservanti.  A partire dal 1642  essi si trasferirono sul vicino Bricco della Casana, dove, con l’aiuto della duchessa Maria Cristina, si costruirono un convento e la relativa chiesa, alla quale dettero il titolo di Santa Maria della Pace in  Lilio: “della Pace”, per celebrare la fine della guerra civile fra Madama Cristina e i principi Maurizio e Tommaso; “in  Lilio”, con riferimento al giglio di Francia, per esprimere  deferenza verso Madama Reale.

Ad un’unica navata, divisa in tre campate, la chiesa inizialmente aveva  tre altari: quello maggiore, di patronato del patrizio chierese Bernardino Garimondo, e due laterali: quello di sinistra, appartenente alla famiglia Turinetti di Pertengo, era dedicato a Sant’Antonio da Padova; quello di destra, della famiglia Facio, poi dei Broglia di Mombello, a San Pietro d’Alcantara, fondatore dell’Ordine dei Riformati. In tempi successivi furono aggiunti altri due altari: a sinistra dell’ingresso quello della Madonna Addolorata, della famiglia Gribaldi  poi del Terz’Ordine Regolare di San Francesco; nella parte opposta quello del  Santo Sepolcro, della famiglia Ciceri.

Nel 1869 ai Minori Riformati subentrarono i Preti della Missione (o Vincenziani, o Lazzaristi)  i quali nella chiesa apportarono consistenti cambiamenti. Fra presbiterio e navata ricavarono due nuove cappelle: quella di destra dedicata alla Crocifissione di Gesù; quella di sinistra al  Sacro Cuore. Sostituirono, poi, la pala di San Pietro D’Alcantara con quella di San Vincenzo de’ Paoli, e la dedicazione dell’altare di Sant’Antonio da Padova con quella alla Beata Vergine della Medaglia Miracolosa.